[轉錄][軟體] 還蠻好用的PowerBlast

作者 huggie (huggie)

時間 2008-06-05 17:55:58

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※ [本文轉錄自 Biotech 看板] 作者: enisx (東方有比目魚,不比不行) 站內: Biotech 標題: [軟體] 還蠻好用的PowerBlast 時間: Thu Jun 5 16:11:19 2008 網址: http://www.bio-soft.net/format/PowerBlast.htm 因為要將超多條的DNA序列與實驗室已有的序列庫比對, 一條一條分別丟2blast實在會要人命.. 後來找的這個工具,初步玩了一下算是好用, 我可以將我們實驗室已有的序列庫以fasta格式寫在一個txt檔內, 然後將之載入, 如此一來我就可以在自己電腦裡blast了...無論是單條blast或是批次多條blast 都快多了..^_^ 另外,它也可以比對protein序列.. 推薦給大家玩玩看! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.112.72.230

推 huggie:借轉 BioMedInfo 06/05 17:55

-- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)

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→ windincloud 原本的NCBI 給的blast也可以直接在自己電腦跑呀 XD 06/05 18:13 1F

推 nightcatman 對啊架個linux sever想跑啥都行自動丟序列自動parse 06/05 21:02 2F

→ nightcatman 進資料庫,有需要的話可以再寫個web界面去取資料 06/05 21:02 3F

→ huggie 我記得 NCBI 還有個程式是可以在linux下跑 blast NCBI db 06/05 21:15 4F

→ huggie 忘了叫什麼了 06/05 21:15 5F

→ windincloud 樓上是說web blast還是做資料庫的formatdb? 06/05 21:38 6F

→ huggie 都不是耶. 06/05 22:07 7F

→ huggie 不用自己formatdb, 因為 db 就遠端 ncbi 的 06/05 22:07 8F

→ huggie 那程式吃你提供給他的 fasta 檔案，然後就送出去query 06/05 22:08 9F

→ huggie command line 介面的 06/05 22:08 10F

→ huggie 回來的檔案也很正常..就一般 blast output 06/05 22:09 11F

推 tear2001 推formatdb.......真的很好用 06/05 23:42 12F

推 nightcatman 那個叫netblast (network-client BLAST), 在NCBI ftp 06/06 00:07 13F

→ nightcatman 上面可以下載安裝,也有readme 06/06 00:07 14F

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