[求救] 藥物敏感性菌株同樣也有胺基酸突變

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各位大大好 小妹目前正在研究臨床菌株的抗藥性產生原因 (以下的抗藥性/敏感性菌株=對同一種藥物的感受性) 原本觀察到在這些抗藥性菌株的胺基酸序列上A, B位點有point mutation 心想太好了總算被我找到(? 結果上次口試中被口委說到必須加入敏感性菌株做比較 否則無法確認可信度 因此小妹又加入了敏感性菌株做比較 結果發現在敏感性中A, B位點一樣point mutation..... 我真是腦袋快燒掉 有問過實驗室的研究助理 他說:那只好在PCR另外一段囉 基因全長1980bp 我已經P了900 在P另一半不知道會不會有很大的風險(因為必須在三個 月內趕完論文口試 但是我的臨床菌株非常多) 想求救大大們有沒有什麼想法可以給小妹一點指引 因為產生抗藥性的原因實在太多...不知道是不是我一開始就下錯方法分析了 謝謝大家(跪 --
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 114.137.153.39 (臺灣) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1617869651.A.F6D.html ※ 編輯: song4231 (114.137.153.39 臺灣), 04/08/2021 16:15:34
1Fmonkey60391: 因為抗藥性原因很多…所以你之前為什麼會覺得該基因 04/08 16:41
2Fmonkey60391: 的point mutation是導致抗藥性的原因呢?有ref可以 04/08 16:41
3Fmonkey60391: 佐證你的假設嗎?你有用未突變的基因塞回去表現看看 04/08 16:41
4Fmonkey60391: 抗藥性有沒有消失嗎? 04/08 16:41
5FQaaaa: 因為這表示一開始判定的A跟B可能不是專門針對抗藥性的突變 04/08 17:21
6Fboblu: 根據內文敘述 A 跟 B 很顯然不是抗藥性的成因 04/08 19:06
7Fboblu: 我其實不是很懂把剩下一千多base 定個序難在哪 04/08 19:09
8Fboblu: 現在比較會擔心得的確是 抗藥性的產生會不會根本跟你 04/08 19:10
9Fboblu: 研究的目標基因無關? 04/08 19:10
10FQaaaa: 你可能要先看看你設定的抗生素是哪種? 在主要抗藥機制 04/08 21:42
11FQaaaa: 突變與外來plasmid中哪種的可能性會比較大 04/08 21:42
12FQaaaa: 因為你只剩三個月 其實若A/B的假設已經不成立 你需要趕快 04/08 21:43
13FQaaaa: 變更實驗主題 最低限度是做類似公衛/流行病學的分析 04/08 21:44
14FQaaaa: 就是狂P 哪種已知突變或plasmid最多種 04/08 21:45
15FQaaaa: 然後看看你手頭上的菌株資料 如分離年份與菌種 能否看出 04/08 21:47
16FQaaaa: 一些分佈上的差異然後做統計 04/08 21:48
17FQaaaa: 3當然外來基因也有可能不見得是plasmid但總歸要找個主題 04/08 21:51
18FQaaaa: 如果仍然是要做抗藥性機制 然後要篩全新未知突變點 04/08 21:53
19FQaaaa: 那就不能只做一個基因而已了 可能要NGS 但你時間與實驗室預 04/08 21:54
20FQaaaa: 算可能不及 04/08 21:54
21FQaaaa: 你需要跟老闆好好討論一下 最後三個月能衝些什麼方向 04/08 21:55
22Fxxtomnyxx: 只能說,你沒有驗證過A、B位點的突變就是導致抗藥性這 04/09 02:39
23Fxxtomnyxx: 點,真的是太天真了.....至少也該把基因clone出來,把 04/09 02:40
24Fxxtomnyxx: 突變修好後換回去之類的方法驗證過A、B突變對抗藥性的 04/09 02:41
25Fxxtomnyxx: 影響,單單只是看到有突變就認定是該突變的影響,你做 04/09 02:41
26Fxxtomnyxx: 研究會有很大的問題.... 04/09 02:41